Research

エピゲノム制御に関わるヒストン修飾解析の高感度化

東京大学アイソトープ総合センターシステム生物医学分野の川村猛准教授は弊社主任研究員福田哲也などとの共同研究により質量分析計で測定する際のヒストンのイオン化を制御する装置を作製した。この装置を用いることで多価イオンになりやすいヒストンテールをCIDに適した2−3の多価イオンにシフトさせ高感度化させた。この電荷数減少効果によりヒストンテールをCIDで精度良く同定することに成功した。これによりCIDのみが可能な一般的な質量分析計でも精度良くヒストン修飾の組み合わせ解析が可能になることが期待されます。


東大先端研LSBMに関するニュース記事2015.6.22


本研究の成果はAnalytical Biochemistry誌に2015年6月に採択されました。


An Improvement on MS-based Epigenetic Analysis of Large Histone-derived Peptides by Using the IVU Interface.
Fukuda T, Hike H, Usui F, Bando Y, Nishimura T, Kodama T, Kawamura T.
Analytical Biochemistry. 2015 Jun 4. pii: S0003-2697(15)00294-8.

CEBMMSとのコラボレーション

1.板東泰彦(弊社CEO)と西村俊秀(弊社CSO)は、Gyorgy Marko-Varga教授(ルンド大学、スウェーデン)とともに、Big Data解析・システムズバイオロジーの権威Soren Brunack 教授及び プロテオミクス研究の世界的第一人者Jasper Olsen教授をNovo Nordisk Foundation Center for Protein Research(University of Copenhargen)に訪問しました。目的は、日本ーデンマークースウェーデンにおける最先端バイオバンクの構築とその臨床試料を活用する臨床研究実施を推進して、個別化医療を実現する協力体制づくりについて協議するためです。会合は、デンマーク日本大使館様のご高配により実施されました。

2. 西村俊秀 (弊社CSO)は、ルンド大学BioMedical Centerに設置されるCenter-of-Excellence in Biological & Medical Mass Spectrometry (CEBMMS)の記念すべき開所式(The Inauguration Symposium, Nov. 15, 2013,  Lund) にて講演を行いました。本CEBMMS施設は、スウェーデンを中心としたバイオバンクの中核をなしており、これと直結した臨床試料のプロテオミクス技術を中心とした最先端質量分析システム17台を稼働して、MS-Imaging を含む多方面の大規模臨床プロテオミクス研究を実施しています。

※詳細につきましては下記リンクをご参照下さい。

CEBMMS

デンマーク・ライフサイエンスセミナー

「個別化医療に向けた創薬、バイオマーカー開発におけるSystems Medicineの役割」

デンマーク大使館主催の掲題のセミナーが平成25年6月19日に日本橋の日本製薬工業協会にて開催され、東京医科大学名誉教授加藤冶文先生による基調講演の後、弊社取締役西村俊秀が、演題「新規タンパク質バイオインフォマティクスとがんバイオマーカー・治療標的検索」で講演を致しました。講演では、新しい統合され構造化された知識データベースの構築は非常に重要な出発点であり、今後個人はビッグデータとシステムズ医学を基盤とする個別化医療実現の時代に向けた準備の必要が強調されました。

Proteome Forum Berlin 2013

Proteome Forum Berlin 2013 (3月17日ー21日、ベルリン自由大学)に弊社取締役西村俊秀(東京医科大学客員教授)が、C-HPPクロモゾーム3番チームPIとして出席し、活動計画の進捗、研究内容の共有、各リーダーとの交流を深めました。写真は17日夕にC-HPP主導メンバーと夕食・懇親をした時のものです。左端がYoung Ki-Paik教授、中央がBill Hancock教授、その隣が西村、そしてGyorgy Marko-Varga教授、右端は東城博雅准教授(大阪大学)です


Toshihide Nishimura, Ph.D. (CSO, Biosys Technologies; Guest Professor, Tokyo Medical University) participated as Principal Investigator of Chromosome 3 – Centric Human Proteome Program in Proteome Forum Berlin 2013 (March 17-21, Berlin Germany). TN shared scientific communications with C-HPP leaders, and the picture was taken during the dinner meeting with major committee members on 17th: Prof. Young Ki-Paik (far left), Prof. Bill Hancock (center), TN (his right), Prof. Gyorgy Marko-Varga (third from far right), Prof. Gilberto B. Domont, and Assoc.Prof. Hiromasa Tojo.

C-HPP project

●Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP)
C-HPP は、シドニーHUPO国際会議(Sept. 2010)でアナウンスされ、ジュネーブでの国際会議で正式に承認されました。  ゴールは、ヒト染色体上にコードされ、発現されるすべてのタンパク質に関する時間、場所、修飾、アイソフォーム、SAPなどすべて状態と機能に関する知識を統合整理して全く新しいデータベスを構築することにあります。
※詳細につきましては下記リンクをご参照下さい。

⇒C-HPP project(PDF/792KB)

 

C-HPP had been announced during the 2010 HUPO World Conference (Sept. Sydney, Australia), and has been formally approved at the 2011 World Conference (Sept. Geneva, Switzerland). Its goal is to construct the newly integrated and well-structured protein-knowledge database for all proteins encoded by the human chromosome, including spatial temporal information, all types of modifications, isoforms, variants, single amino-acid polymorphism (SAP), etc.

※ Please refer to the following link for more details

⇒C-HPP project(PDF/792KB)


学術会議・セミナー・シンポジウム発表など

・ 新しいアフィニティー-質量分析計を用いた創薬ターゲット化合物探索の新手法の開発、福田哲也、他、BMB2015(第38回日本分子生物学会年会・第88回日本生化学会大会)、神戸国際会議場、2015年12月2日(水)


・ アフィニティー-質量分析計(Affinity capture mass spectrometry)による創薬ターゲット化合物の探索、福田哲也、他、第5回スクリーニング学研究会、大宮ソニックシティ、埼玉、2015年11月27日(金)


• 臨床試料からのバイオマーカー/創薬探索ターゲットでのトータルソリューションJASIS2015、2015年9月24日(木)、中山登


• 西村俊秀 「HUPO C-HPP:第3染色体日本チームによる完全長トランスクリプトームに基づく新規タンパク質データベース(H-EPD)構築と展望」東北大学グローバルCOE Network Medicine創生拠点NM高等教育セミナー
2013年1月15日(金) 17時-18時30分 医学部5号館201

• Toshihide Nishimura, “Chromosome 3 and Disease-Related Proteins Discovered Using Laser-Microdissected (LMD) Lung-Carcer FFPE tissues”, C-HPP Workshop, AOHUPO, Beijin China May 5, 2012.

・ 膵癌診療情報新規バイオマーカー候補のFFPE組織プロテオミクスによる探索と検証 Verification of Early Diagnostic Biomarker Candidates for Pancreatic Cancer by FFPE Tissue Proteomics、日本ヒトプロテオーム学会(JHUPO)(シンポジウム)、東京、日本科学未来館、2012年7月

・ 胆道癌新規診断バイオマーカーに関する選択反応モニタリング質量分析アッセイ(SRM MS-based assay)及び免疫組織染色(IHC)との相関性 、日本臨床プロテオーム研究会、東京、都市センターホテル、2012年5月

・ 胆道癌新規診断バイオマーカー候補のSRM MSマルチプル検証アッセイVerification of Diagnostic Biomarker Candidates for Biliary Tract Carcinoma by SRM MS- based Multiple Assay、日本ヒトプロテオーム学会(JHUPO)、新潟、朱鷺メッセ、2011年7月

・ エピゲノム創薬 -バイオマーカー探索から翻訳語修飾へ-バイオシス最新サンプル前処理方法から解析方法の実際、システム生物医学15周年記念・血管生物学分野創設記念講演会、東京、東京大学先端科学技術センター、2011年5月

・ SRM MS based assayによるホルマリン固定包埋 (FFPE) 組織サンプルからの悪性度の高い肺癌-LCNECに特異的なバイオマーカー候補の評価、日本臨床プロテオーム研究会、山口、山口大学、2011年5月

Resent publications

(1) Nakayama N, Bando Y, Fukuda T, Kawamura T, Nakamura H, Marko-Varga G, Nishimura T. Perspective Article. Developments of Mass Spectrometry–Based Technologies for Effective Drug Development Linked with Clinical Proteomes. In DMPK journal: Ms. Ref. No.: DMPK-D-15-00154, in press.


(2)Tetsuya Fukuda, Hiroshi Hike, Fumihiko Usui, Yasuhiko Bando, Toshihide Nishimura, Tatsuhiko Kodama, Takeshi Kawamura, An improvement on mass spectrometry-based epigenetic analysis of large histone-derived peptides by using the Ionization Variable Unit interface, Analytical Biochemistry 486 (2015) 14–16


(3) Tadashi Imanishi, Yoko Nagai, Takuya Habara, Chisato Yamasaki, Jun-ichi Takeda, Sayaka Mikami, Yasuhiko Bando, Hiromasa Tojo, and Toshihide Nishimura Perspectives: Full-length transcriptome-based H-InvDB throws a new light on chromosome-centric proteomics. 2013, Journal of Proteome Res. 12(1): 62-66.


(4) Toshihide Nishimura, Harubumi Kato, Norihiko Ikeda, Makoto Kihara, Masaharu Nomura, Yasufumi Kato and György Marko-Varga.  Cancer Phenotype Diagnosis and Drug Efficacy within Japanese Health Care. 2012, International Journal of Proteomics  (2012), Article ID 921901, 10 pages.

(5) Masaharu Nomura, Tetsuya Fukuda, Kiyonaga Fujii, Takeshi Kawamura, Hiromasa Tojo, Makoto Kihara, Yasuhiko Bando, Adi F Gazdar, Masahiro Tsuboi, Hisashi Oshiro, Toshitaka Nagao, Tatsuo Ohira, Norihiko Ikeda, Noriko Gotoh, Harubumi Kato, Gyorgy Marko-Varga,  Toshihide Nishimura  Preferential expression of potential markers for cancer stem cells in large cell neuroendocrine carcinoma of the lung. An FFPE proteomic study, 2011, Journal of Clinical Bioinformatics  1:23

(6) Harubumi Kato,  Toshihide Nishimura, Takashi Hirano, Masaharu Nomura,Hiromasa Tojo, Kiyonaga Fujii, Takeshi Kawamura,  Sayaka Mikami,  Makoto Kihara, Yasuhiko Bando, Masahiro Tsuboi, Norihiko Ikeda, Gyorgy Marko-Varga., A Clinician View and Experience of Proteomic Studies in the Light of Lung Cancer in Japanese Healthcare 2011 Journal of Proteome Research, 10: 51–57.

(7) Toshihide Nishimura, Masaharu Nomura, Hiromasa Tojo, Hiroko Hamasaki, Tetsuya Fukuda, Kiyonaga Fujii, Sayaka Mikami, Yasuhiko Bando, Harubumi Kato, Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (2) MRM assay for stage-related proteins upon non-metastatic lung adenocarcinoma., 2010, Journal of Proteomics, 73(6): 1100-1110.

(8) Takeshi Kawamura, Masaharu Nomura, Hiromasa Tojo, Kiyonaga Fujii, Hiroko Hamasaki, Sayaka Mikami, Yasuhiko Bando, Harubumi Kato, Toshihide Nishimura, Proteomic analysis of laser-microdissected paraffin-embedded tissues: (1) Stage-related protein candidates upon non-metastatic lung adenocarcinoma., 2010, Journal of Proteomics, 73(6): 1089-1099.

(9) Toshihide Nishimura; Masaharu Nomura; Tetsuya Fukuda; Kiyonaga Fujii; Takeshi Kawamura; Hiroko Hamasaki; Hiroshi Hike; Yasuhiko Bando; Norihiko Ikeda; Harubumi Kato, MRM MS-Based Assays To Identify Biomarkers for Lung Carcinoma of Large-cell Neuroendocrine (LCNEC), June 14, 2009, 3rd EuPA Congress , Sweden,ISBN, 978-963-86156-4-0, OOK-PRESS Kft, H-8200 Veszprem, Hungary.

書籍

中村和行,西尾和人, 西村俊秀,加藤治文監修,「臨床プロテオミクス-バイオマーカー探索から個別化医療へー」(金原出版)2012年5月